Skip to contents (site navigation)


OPPK

 

Odborné členění

Vzniklá infrastuktura PISBM se bude dělit na tři vzájemně na sebe navazující centra:

Schema infrastruktury PISBM

Centrum pro metabolomiku

Metabolomika je vědecká disciplína, která se zabývá studiem chemických procesů, ve kterých hrají roli metabolity. Metabolity jsou chemické látky, které produkují buňky v důsledku život zajišťujících buněčných procesů. Tyto látky jsou vlastně jakýmsi „chemickým podpisem”, které za sebou příslušně diferenciovaný typ buněk v živém organismu zanechává. Zájem o stanovování metabolitů vylučovaných z lidského těla existoval v medicíně prakticky hned od vzniku klinické biochemie (a do jisté míry byl i samotným důvodem jejího vzniku) a klasické techniky analýzy metabolitů v tělních tekutinách jsou dnes zcela standardními diagnostickými kritérii v medicínské praxi. Díky rozvoji instrumentálních bioanalytických metod v posledních zhruba patnácti letech se ale mohl začít rozvíjet mnohem hlubší zájem o studium metabolických procesů a to na mnohem složitější a fundamentálnější úrovni. Důvodem tohoto zájmu je skutečnost, že sledování genové exprese mRNA nebo analýza exprimovaných proteinů (proteomika) samy o sobě neposkytují dostatečně úplnou informaci o stavu biologického systému. Teprve studium metabolického profilu (metabolomika) dává okamžitý obrázek o fyziologickém stavu buňky a tím i celého organismu sledovaného pacienta. V teoretické rovině patří integrace nového metabolomického výzkumu do již známých poznatků genetiky a proteomiky mezi nejdůležitější cíle současné biomedicíny. V praktické rovině přináší metabolomika celou řadu poznatků, které jsou uplatnitelné při studiu mechanismů onemocnění, jejich diagnostice i při designu příslušných terapií.

Centrum pro strukturní biologii

Strukturní biologie je biochemický obor, který je zaměřen na integraci poznatků o struktuře biologicky významných makromolekul. Obecným cílem strukturní biologie je získat vědomosti nutné pro pochopení základních funkcí a životních procesů na molekulární a buněčné úrovni. V předkládaném projektu bude výzkum „omezen“ na zjišťování struktury bílkovin a jejích komplexů a především na pochopení změn těchto struktur v souvislosti s patologickými změnami jako jsou například onkologická onemocnění. Znalost třídimenzionální (3D) struktury proteinů je základním předpokladem pro zjištění jejich funkcí. Existuje celá řada proteinů, jejichž 3D strukturu je obtížné nebo dokonce nemožné získat pomocí standardní techniky rentgenové krystalografie, ať už z praktických nebo fundamentálních důvodů. To je příležitost pro progresívní metody vícekanálové NMR spektroskopie a MS s vysokým rozlišením (například s využitím techniky intramolekulárního chemického zesíťování nebo vodík-deuteriové výměny předřazené hmotnostně spektrometrické analýze) kombinované s teoretickými výpočtovými metodami.

Centrum zobrazovací hmotnostní spektrometrie

V této části projektu bude rozvíjena zobrazovací hmotnostní spektrometrie (Mass Spectrometry Imaging – MSI) v některé literatuře nazývaná též hmotnostně spektrometrická nebo chemická mikroskopie. Jedná se o relativně novou techniku, která je v posledních letech zaváděna jak v laboratořích základního výzkumu, tak i ve farmaceutickém a biotechnologickém průmyslu. V navrhovaném projektu by měla být používána pro zobrazování biologických povrchů, především tkáňových řezů a dále k analýze biopsií. Výzkum bude orientován na využití zobrazovací hmotnostní spektrometrie (dále jen MSI) pro studium metabolitů a nízkomolekulárních biomarkerů.

Praha & EU

Investujeme do vaší budoucnosti




NAVRCHOLU.cz


also on YouTube